Program pendidikan Pondok Pesantren Al Washilah Jakarta mengintegrasikan pendidikan diniyah dan pendidikan formal dalam satu sistem pembinaan yang terpadu.

Santri dibimbing dalam Tahfidz Al-Qur’an, pembelajaran ilmu keislaman, serta pendidikan formal MTs, SMP, dan SMK untuk membentuk generasi yang berilmu, berakhlak, dan siap menghadapi masa depan.